中山大學附屬第三醫院是國家第一批住院醫師規范化培訓基地、廣東省高水平醫院重點建設單位，2020年獲中共中央、國務院、中央軍委“全國抗擊新冠肺炎疫情先進集體”表彰。2022年醫院入選國家區域醫療中心輸出醫院。

目前擁有天河院區、嶺南院區、粵東院區、肇慶院區四個院區。醫院著力打造肝臟病學科群、腦病學科群和免疫病學科群三大學科群；立足優勢學科，搭建干細胞（細胞）治療平臺、人工智能+大數據平臺及納米醫學平臺等3個重點科研共享平臺；建設代謝性疾病診治中心、變態（過敏）反應診治中心、免疫性疾病診治中心、肝臟疾病診治中心、精神心理與兒童發育行為中心等5個區域特色疾病診治中心。

醫院目前是廣東省醫師協會畢業后教育工作委員會主任委員單位。醫院教學資源豐富，秉承著中山大學“三基三嚴三早”的優良傳統，始終為住院醫師提供一流的教學資源和培養條件。近5年，涌現國家級優秀帶教老師2位，國家級優秀基地主任1位，省級優秀基地主任1位。擁有國家級重點專業基地4個、省級重點專業基地3個；2個國家級住培骨干師資培訓基地，8個省級住培骨干師資培訓基地。歷年獲得廣東省住院醫師病例大賽第一名、廣東省臨床技能大賽一等獎等多項榮譽，同時也是”廣東省住院醫師規范化培訓臨床教學實施指引”、“廣東省住院醫師規范化培訓精品課程指引”牽頭單位。