中山大學附屬第三醫院是我國較早開展臨床藥理研究的醫院之一，早在1986年，衛生部就批準我院的抗風濕、肝病、抗寄生蟲為臨床藥理基地專業組。1998年2月醫院通過了衛生部的評估驗收，同時增加了抗感染專業組。1999年，通過了國家食品藥品監督管理局對原“衛生部臨床藥理基地”進行的審核，更名為“國家藥品臨床研究基地”，設4個專業組：免疫專業組、肝病專業組、抗寄生蟲專業組和抗感染專業組。

醫院設備設施齊全，機構辦配備有相應的辦公設備設施、專用檔案室及GCP藥房等。截至2025年7月，我院具有藥物臨床試驗資格的備案專業（備案號：藥臨床機構備字2020000309）35個：感染、精神、皮膚、呼吸內科、神經內科、腫瘤科、內分泌、麻醉科、婦科、免疫學、眼科、重癥醫學科、腎病學、骨科、心血管內科、普通外科專業-肝臟外科、康復醫學科、消化內科、耳鼻咽喉科-耳科、耳鼻咽喉科-鼻科、耳鼻咽喉科-咽喉科、普通外科專業-胃腸、血液內科、泌尿外科、中醫科-內科、中醫科-針灸科、超聲診斷、核醫學、兒科-小兒內分泌、兒科-小兒呼吸、兒科-小兒免疫、兒科-小兒血液病、兒科-小兒神經病學、兒童心理衛生、I期藥物臨床試驗，備案PI（主要研究者）94人；已備案醫療器械臨床試驗專業（備案號：械臨機構備201800645）25個：感染、風濕免疫、神經內科、精神、皮膚、麻醉、血液內科、泌尿外科、檢驗科、超聲科、骨科、婦科、介入科、康復醫學科、口腔科、神經外科、普通外科（肝臟）、心血管內科、眼科、不育與性醫學科、內分泌科、病理科、兒童心理衛生，備案PI 55人。臨床試驗相關人員均經過GCP培訓。目前，我院廣州天河院區、嶺南醫院均可開展I-IV期新藥臨床試驗和醫療器械、體外診斷試劑臨床試驗項目。